Os laboratórios temáticos são laboratórios voltados para a realização de disciplinas eletivas e atividades de pesquisa; tais como Iniciação Científica e Trabalho de Conclusão de Curso. O Departamento de Ciência da Computação possui 4 laboratórios temáticos:
- Laboratório de Tecnologia Educacional (LTE)
- Professor responsável: Paulo Alexandre Bressan
- Laboratório de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos (LaReS)
- Professor responsável: Flavio Barbieri Gonzaga
- Laboratório de Inteligência Computacional (LInC)
- Professor Responsável: Ricardo Menezes Salgado
- Laboratório de Pesquisa & Desenvolvimento (LP&D)
- Professor responsável: Humberto César Brandão de Oliveira